Le quartz craquelé peut avoir une origine complètement naturelle. Le quartz peut subir des tensions internes pendant sa croissance qui peuvent provoquer des fissures, des craquelures. C'est souvent suite à des changements de température et/ou des différences de pression. Postérieurement à ces transformations, des oxydes et/ou hydroxydes de fer remplissent ces fractures, elles peuvent également se reboucher naturellement au moyen d'un composé minéral généralement de couleur blanche.
Un autre quartz craquelé que l'on rencontre fréquemment sur le marché des gemmes est le quartz rubassé. Ce quartz subit un traitement, il est chauffé à certaines températures et refroidi brutalement dans un bain de teinture froide. Le choc thermique provoque des fissures, la teinture y pénètre.
Ce procédé permet d'obtenir des quartz craquelés de différentes couleurs, bleu, jaune, vert, rouge...